农民专业合作社的性质有别于其他集体所有制企业，也有别于一般的盈利组织，主要体现自我服务的公益性。农民专业合作社是指在某一产品的生产，某一行业的经营或某一服务领域共同组织成的合作经济组织，完全按照合作制原则结成的经济利益共同体，以形成共同生产或经营，抵御市场风险，取得规模效益。专业合作社的财务管理主要包括：
(一)核算体制
专业合作社遵循自愿、互利、民主、平等的合作制原则，实行独立核算，自主经营，自负盈亏，自我服务，自我发展，自我约束的财务管理体制。其最高权力机构为社员(代表)大会，依据社章设立理事会，监事会。各类专业合作社应依据原行业财务制度，结合自身的特点，制定本社的财务制度。定期向行政主管部门报送财务和会计报表，定期向社员公布财务状况。
(二)资金来源
1、社员股金。社员股金是为了取得专业合作社社员身份而缴纳的股金，实行利益共享，风险共担，社员股金按实现的利润进行分红。
2、提留的风险金和企业发展基金。按现行财务制度的规定提取的一般盈余公积金作为风险金，以及按社员(代表)大会的决议提取一定比例的发展基金。
3、公益金按现行财务制度提取。
4、盈余积累按现行财务制度规定提取的任意盈余公积金。
5、银行贷款。专业合作社可以根据业务需要按照银行贷款的要求向各类商行申请贷款。
6、供销合作社投入的资金
7.其他来源，包括政府有关部门的扶持资金。
(三)盈余分配
农民专业合作社的盈余分配，是由理事会提出具体分配方案，由社员(代表)大会讨论决定。一般应按以下顺序分配：
1、按现行财务制度提取一般盈余公积金。
2、按现行财务制度提取公益金，用于本社职工的福利设施支出。
3、对社员股金，政府有关部门的扶持资金，供销合作社的投资等按比例分红。
4、按社员提供的产品，服务交易额或交易量实行二次分配;
5、按社员(代表)大会的决议提取任意盈余公积金;
6、按社员(代表)大会的决议提取企业发展基金。
(四)财务控制
完善的企业内部控制制度是保证企业生产经营顺利进行，防范和化解经营风险的有力手段专业合作社具有人员少经营环节多，手续制度多的经营特点，更必须建立完善的内部控制制度。
1、建立人员控制制度。农民专业合作社的日常工作人员宜少面而精，人员的数量素质应由理事会确定。厂长(经理)，技术负责人、财务负责人，实物保管员，出纳员的任用，解聘应提交理事会确定。特别是财务人员应统一聘用，经过专业培训，持证上岗，确定其在合作社行政管理责任及地位。并定期考核、评审，确定奖惩是否续聘。
2、强化资金管理制度。企业的'资金、商品物质的流通必须制定严密交接，运转手续，经手人、保管人、批准人的签字必须齐全，各负其责。
3、建立生产经营成本，费用等开支的审批制度。企业的日常开支，要区分不同性质，不同额度分别审批，属于日常零星开支由经办人、部门负责人、财务负责人、分管厂长(经理)签字后，厂长(经理)最后审批，属于大宗开支，非正常开支，需经理事会或社员(代表)大会批准。
4、建立投资、重大管理措施的可行性论证制度。投资重大管理措施的实施关系到企业的生存与发展，企业必须慎重行事，理事会应聘请有关专家进行认真的研究论证并经社员(代表)大会讨论确定。
5、建立财务审计制度，加强审计监督。为了取得广大社员的信任，财务管理必须高度民主化，透明化，除了实行企业自身的会计报告制度外，理事会还应定期或年终聘请注册会计师进行审计和咨询活动，确认企业经济活动的真实性，提高企业的管理水平。
6、建立完善财务管理制度后，应加强制度的执行力度，规定管理部门专人负责制度的更新与完善，定期了解各项制度的执行情况，搜集反馈意见，确保制度符合实际发展需要。坚持综合治理、财务适当先行的理念，逐步树立财务在企业运行中的核心地位。从管理资产提升到管理资本，推行型的财务管理，切实提高资产监督水平。