处理土地纠纷的程序是：首先双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡镇人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
【法律依据】
《土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。