直营店的收入通常是归总部所有的。
直营店是由总部自己投资和管理的，总部负责制定经营策略、提供产品和服务、进行市场推广等。因此，直营店的收入也是为了支持总部的运营和发展。总部会根据公司的财务管理制度，对直营店的收入进行统一的财务结算和管理。
直营店的优缺点如下：
1、管理模式一致。直营门店在经营过程中最大的优点就是能够进行统一的门店管理，保障所有的分店在管理模式以及管理水平上都有一定的规范性和一致性，保障了整体在行业市场中的竞争优势。
2、便于统一调配。直营连锁门店在行业的运营过程中会有统一的调配资源，由于资源配置和资源分配都是由总部提供，所以提高了公司整体运营的效率，实现了比较好的规模经济性，同时也会降低成本。
3、快速执行性。连锁经营门店一般都会较好的兼顾短期的利益与长期的收益，所以全面落实公司的发展战略，能够进行统一决策，执行力具有非常强的快速性，而且在运营过程中能够保障信息的快速传递。
4、运营成本高。连锁直营店铺在扩张过程中往往需要比较大量的资金成本，所以在行业的正常运营过程中，运行的成本相对较高，成本较高就会造成创业过程中的风险较大，所以一定要合理慎重的进行推广。
综上所述，直营店是指连锁公司的店铺均由公司总部投资或控股，在总部的直接领导下统一经营。总部对店铺实施人、财、物及商流、物流、信息流等方面的统一管理。直营店作为大资本运作，实行集中管理、分散销售，充分发挥规模效应。特许经营是特许者将自己的商标、商号、产品、专利和技术、经营模式等以合同形式授予被特许者使用，被特许者按合同规定在统一的模式下从事经营活动并支付相应的费用，统一连锁经营、统一形象、统一管理。
【法律依据】：
《商业特许经营管理条例》
第五条
国务院商务主管部门依照本条例规定，负责对全国范围内的特许经营活动实施监督管理。省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门和设区的市级人民政府商务主管部门依照本条例规定，负责对本行政区域内的特许经营活动实施监督管理。