申请小作坊食品生产许可证时，首先要办理公司登记，申办个体工商户的营业执照，并准备必要的设备、仪器。然后向当地的质监局提出申请，质监局受理申请后，将会派人到现场审核，并对食品进行抽检。检验合格的样品后，质监局就会发放食品生产许可证。根据《食品生产许可管理办法》第十二条：申请食品生产许可，具有与生产的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、包装、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离。
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