分居协议合法有效的在诉讼离婚中是有用的。法院判决准予离婚的是有证据证明夫妻感情确已破裂，调解无效的情形，其中夫妻因感情不和分居满两年是证明夫妻感情确已破裂的具体情形之一，所以，合法有效的分居协议在诉讼离婚中具有一定的作用。
《中华人民共和国民法典》
第一千零七十九条
第一款、第二款、第三款
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；
如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
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