手机上交合作医疗的方法如下：
1、打开支付宝首页，在应用工具栏选择更多按钮，点击进去；
2、然后点击城市服务按钮进去；
3、然后在左上角选择社保所在的城市；
4、然后选择自然人社保征收按钮进去；
5、进去之后点击城乡居民医疗按钮进去；
6、进入社保申报页面，在该页面填写好需要缴纳社保人的相关信息，完成后点击查询按钮；
7、然后在新弹出来的页面选择相应的社保项目缴费即可。
农村合作医疗和社保的区别包括以下几点：
1、合作医疗只能农民才可以参加；
2、合作医疗必须以家庭为单位整户参加；
3、合作医疗是一年一交费，一年一参合，参合本年度享受报销；
4、合作医疗基金筹措有限，保障力度低；
5、合作医疗为国家的政策，以解决参合农民因病致贫、因病返贫为最终目的。
农村合作医疗保险是如何报销流程如下：
1、参加合医人员住院或特定疾病门诊患者在定点医院看病，可以实时联网结算报销，如因其他原因可以回合医办报销的。其医疗费用由其个人垫支，并向医院索取疾病诊断证明，医院收费发票，费用汇总明细清单，带备医院资料和参加合作医疗资料、身份证或户口簿，银行存折（卡）并填写好合作医疗报销呈批表，由村委会审查并加具意见，逾期不再办理；
2、由街道合医办初审资料；
3、再由合医办把审核资料送市社保局审批理赔。
【法律依据】
《中华人民共和国社会保险法》
第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容