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AlphaFold2: Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold笔记

来源:乌哈旅游

笔记:https://www.bilibili.com/video/BV1oR4y1K7Xr/?spm_id_from=333.788

DeepMind 2021年7月的发表在nature上的工作。同一天,University of Washington 发表了RoseTTAFold 并登在了8月的science的封面。

摘要

AlphaFold1不能在原子精度给出蛋白质结构。AlphaFold2在CASP14库结果较好。

整体架构

图1(1):CASP14各队的成绩比较,AlphFold2的误差为第一条竖线,为1埃原子精度
图1(2):绿色是实验室结果,蓝色为预测结果,黑色为碳原子
图2为PDB数据集结果

模型整体架构图

编码器

编码器架构


transoformer的编码器和解码器

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